前代未聞の不手際が発生した。女子400メートル個人メドレー決勝で、2種目めとなる背泳ぎ用ターン標識として設置されるフラッグが、本来の5メートル手前ではなく、半分の2・5メートル手前に設置されるミスがあった。この影響で決勝レースは不成立となった。

　粟井崇紀審判長によると、審判団や係員が設置ミスに気づかないままレースがスタート。150メートルのターンで頭をぶつける選手が相次ぎ、その時点でようやく気づいたという。中には頭を強く打ち付け、そのまま病院へ直行した選手もおり、「頭を打って、むち打ちのような状態の選手もいる。あってはならないこと。私の知る限りでは今までにない」と陳謝した。