しかし、ラットにベニコウジ色素を混ぜた餌を13週間与えた試験では、ベニコウジ色素を5%・7%投与した群で腎細管上皮の壊死が確認されたとの報告がなされています。

また、細菌を用いた復帰変異試験の結果、高用量のベニコウジ色素で陽性の結果が報告されています。

このように、ベニコウジ色素の安全性試験ではいくつか懸念のある結果も出ているので、心配な場合には避けておいた方が良いでしょう。